電能質量分析儀的常見故障有：裝置接線錯誤；電能表故障；CT部分故障。

經驗判斷：計量裝置正常時綜合誤差（含CT誤差、二次接線誤差和電表誤差）在±3%時；綜合誤差在-10%至-3%時一般可能為電表不準；CT二次負載重；CT負誤差；綜合誤差超過10%時可能為CT二次接線錯誤；CT變比不對；缺相或錯相。一般現場工作時可進行綜合誤差的測量，綜合誤差在±3%時系統基本沒有問題，當綜合誤差較大時可分別進行CT誤差、電表誤差的校驗及線路診斷。

三相四線制線路的常見問題：缺某相電壓、電流時，可從分析儀的“測量參量”或“矢量圖”兩功能項直接看出。缺相原因一般是計量裝置的三組元件中的，某一組元件出現故障或接線斷開。具體可能原因：電能表電壓線圈一相不通（線圈斷路、雷擊、電壓掛鉤與螺釘未接觸）；計量回路一次測某相保險熔斷或接觸不良；電壓二次回路一相線路斷路（保險熔斷或接觸不良）；電表或CT本身一相電流線圈或CT二次繞組開路（線圈燒斷、電能表接線端或二次接線端接觸不上）；電能質量分析儀二次電流回路中某相電流開路。

缺兩相與缺一相的原因和情況基本類似。電流反向可從 “矢量”功能中看出，A相電流反向，反向后角度與正常應相差180°。電壓與電流錯相，一相或幾相電壓和電流不對應，使實際角度與正常差120°或240°。三相電能表現場校驗儀三線制線路分析方法。

電能質量分析儀單相表測量時，可用儀器的任意一相進行（通常情況用A相），情況比較簡單。如果接線正確但誤差還是很大，則應調整或更換電表。CT常見故障及原因：故意更換CT銘牌；CT精度不合格；CT損壞。